A Nemzeti Park élőhelyei egyedülállóan gazdagok, a kontinensen már alig-alig találhatóak hasonlók. Nekik köszönhető, hogy a lepkefauna rendkívül sokszínű, a hazánkban előforduló fajok kétharmada él az Őrségi Nemzeti Parkban. Európai jelentőségű többek között a lápi tarkalepke és a sötétaljú hangyaboglárka őrségi állománya, de megfigyelhetőek olyan ritkaságok is, mint a havasi tűzlepke, a nagy színjátszólepke vagy a sápadt szemeslepke. Megőrzésük érdekében élőhelyeiken speciális kezeléseket alkalmazunk és támogatásokkal ösztönözzük a helyi gazdálkodókat a lepke-barát gyepgazdálkodásra.